深研院运行机制实行理事会领导下的院长负责制，设理事会、院领导、学术委员会、下设若干管理部门、若干研发单元。
       院领导：院长
                     副院长
       学术委员会、中国灾害防御协会减隔震专业委员会
       管理部门：办公室

                人力资源与法务部
                创新发展与外事部
                       三级机构：财务会计室

      研发单元：灾害防御与应急技术研究中心
                        先进地震仪器装备研究中心
                        工程结构安全监测研究中心
                        减隔震技术研究中心
                        智慧应急与数据云研究中心
                        安全科技与应用研究中心
                        光纤传感研究所